下表為目前科技部核定之核心服務項目及其內容說明( 服務清單)
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現今RNAi技術已經逐漸由基礎研究走向醫學應用，本核心設施也將與時俱進，將核心RNAi技術與資源進行適當的調整，以協助國內生醫產業界進行RNAi藥物的開發工作。成功開發一個RNAi藥物最重要的工作重點，在於如何找到一個高效能且低脫靶率的RNAi序列，以及如何專一性地將RNAi藥物遞送到病灶細胞之中。我們的執行方法說明如下：

• RNAi藥物開發-RNAi序列的選殖

名稱: RNAi藥物開發-RNAi序列的選殖

服務代號: 108-1 

用途: RNAi序列的選殖

規格: 每案

收費標準: 依委託內容

使用方式:  委託操作

本核心設施所維運RNAi試劑資源庫共有327,705株不同的RNAi試劑(可標靶全基因方位人類及小鼠基因)，目前已有四成RNAi試劑已經知道其基因抑制效率(Knock-down Efficiency)資訊，是目前基因抑制資訊最完整的RNAi試劑資源庫之一。我們已經整合了RNAi試劑的抑制效率資訊、shRNA的序列等資訊，利用預先建置好的RNAi試劑DNA資源庫，與搭配有機器手臂的二維條碼管理系統，我們可以迅速挑選出使用者需要且經過確效驗證的RNAi試劑資源，並訂製一個完全符合其使用需求的客製化RNAi盤式商品。針對協助RNAi藥物開發的角度而言，此一RNAi試劑資源庫可以提供高效率RNAi序列的選殖。

• RNAi藥物開發-客製化RNAi序列

名稱: RNAi藥物開發-客製化RNAi序列

服務代號: 108-2 

用途: 客製化RNAi序列

規格: 每案

收費標準: 依委託內容

使用方式:  委託操作

若RNAi試劑資源庫中的RNAi序列不敷使用者需求，或是新穎基因在試劑庫中未找到相對應之RNAi試劑資源，本核心實驗室有豐富的RNAi構築經驗，也可以根據使用者的需求，專案設計並構築符合使用者需求的RNAi表現質體。

• RNAi藥物開發-RNAi效能鑑定

名稱: RNAi藥物開發-RNAi效能鑑定

服務代號: 108-3 

用途: RNAi效能鑑定

規格: 每案

收費標準: 依委託內容

使用方式:  委託操作

高抑制效率的RNAi序列，是成功開發RNAi藥物的重要關鍵。本核心設施可以協助國內生醫產業進行RNAi的確效工作，在指定的細胞模型中利用定量RT-qPCR確認RNAi抑制基因表現的效能。藉由協助挑選出高抑制效率的RNAi序列，本核心設施所提供的服務可以提高國內生醫產業RNAi藥物商品化的成功機率。

• RNAi藥物開發-建立RNAi遞送系統

 名稱: RNAi藥物開發-建立RNAi遞送系統

服務代號: 108-4 

用途: RNAi遞送系統

規格: 每案

收費標準: 依委託內容

使用方式:  委託操作

過去RNAi藥物發展的最大瓶頸，在於沒有適當且專一性高的核酸遞送系統。目前進入臨床試驗中的RNAi藥物，大多數都是以適體(Aptamer)、Lipid nanoparticle (LNP)、GalNAc-conjugate方式遞送siRNA，其缺點是RNAi藥物在體內作用時間較短。有鑒於此，本核心設施將開發以偽慢病毒為基礎的核酸遞送系統，我們將以抗體(scFv)取代病毒表面的VSV-G醣蛋白，藉此提高偽慢病毒載體的專一性；搭配偽慢病毒本身的嵌入特性，可以讓遞送的RNAi藥物可以長時間表現，達到長時間抑制致病基因表現的療效。另外，此新式偽慢病毒載體系統也可運用於其他核酸試劑的遞送，例如miRNA、CRISPR/Cas、Cas13a、Cpf1或是cDNA的表現。若是結合HSV1-TK或DT-A基因的遞送，則可以運用於新一代溶瘤病毒的抗癌療法(Oncolytic Virotherapy)。此一創新偽慢病毒載體系統最大的優勢是，可以根據目標細胞的不同，彈性更換使用不同的scFv序列，改變其標靶特異性，是一項極具商業競爭的產品。另外，本核心設施也可以提供腺相關病毒(AAV)作為病毒載體的遞送系統，此一病毒在神經細胞中也可以達到長效型治療以及專一性遞送RNAi藥物的需求。

CAR-T細胞療法包含了許多環節，包括T細胞分離、CAR基因編輯、CAR-T細胞擴增、CAR-T細胞回輸、以及術後監控。每家公司的CAR-T技術核心都在CAR基因編輯的部分互有優劣，而本核心設施可以協助國內生醫產業在CAR基因編輯此一技術核心上的取得利基。本核心設施擅長於偽慢病毒的構築與生產，設有專人協助CAR表現質體的構築，藉由偽慢病毒載體上的客製化，我們可以優化CAR基因表現情形、提高產製偽慢病毒的效價、以及增強CAR-T細胞的活性或予以功能加值。執行方法說明如下：

• CAR-T開發工作-CAR表現載體構築

名稱: CAR-T開發工作-CAR表現載體構築

服務代號: 108-5 

用途: CAR表現載體

規格: 每案

收費標準: 依委託內容

使用方式:  委託操作

本核心設施長期專注於偽慢病毒載體的研發工作，其目標在於優化轉殖基因的表現以及提高病毒效價。我們可以提供的偽慢病毒載體構築服務包括：協助挑選在T淋巴細胞中表現CAR最適當的啟動子、針對CAR編碼序列進行最佳化以提高蛋白表現量、重置偽慢病毒cPPT序列位置以增加偽慢病毒效價、縮減偽慢病毒基因體非必要的序列，包括位於5'端Psi包裹訊號內的RNA剪接提供位點(Splice donor site)，避免非預期的選擇性剪接(Alternative splicing)產生。

• CAR-T開發工作-大規模偽慢病毒生產

名稱: CAR-T開發工作-大規模偽慢病毒生產

服務代號: 108-6 

用途: 偽慢病毒生產

規格: 每案

收費標準: 依委託內容

使用方式:  委託操作

我們改良了偽慢病毒生產流程，包括由美國細胞暨菌種保存中心ATCC引進了初期繼代的HEK-293T/17細胞(用於產製高效價偽慢病毒的細胞株)、測試各種細胞轉染試劑與轉染條件、由質體資源分享平台Addgene引進第三代偽慢病毒包裹系統(提高病毒載體的使用安全性)，嘗試找出更好的偽慢病毒生產流程以提高病毒效價。我們也將引進懸浮型Gibco LV-MAX偽慢病毒生產系統，此一系統利用高密度懸浮培養細胞系統，搭配特殊的脂質奈米粒子轉染試劑、偽慢病毒生產增強因子和補充劑，可以有效提高生產偽慢病毒的效價，同時Gibco LV-MAX偽慢病毒生產系統也即將取得GMP認證，更符合國內生醫產業界的需求。這些努力將有助於提升本核心設施的病毒生產服務品質，並進一步提高本核心設產製偽慢病毒的效價，以因應生醫產業界對於高效價病毒液的需求。這些技術的優化不僅適用於CAR-T細胞的建立工作，也可用於前述RNAi藥物的開發。

• CAR-T開發工作-CAR-T細胞建立

名稱: CAR-T開發工作-CAR-T細胞建立

服務代號: 108-7 

用途: CAR-T細胞建立

規格: 每案

收費標準: 依委託內容

使用方式:  委託操作

目前偽慢病毒的產製多以VSV-G蛋白作為細胞受體結合蛋白；VSV-G蛋白具廣泛細胞向性，可感染大部分實驗室培養的哺乳類動物細胞株。但是由於T細胞表面的VSV-G蛋白受體(LDL-R)表現量較低，造成T細胞對於偽慢病毒的被感染效率較差。本核心設施建立了可以裝載抗體的偽慢病毒系統，擬結合抗體專一性(例如：anti-CD3抗體)強化偽慢病毒標靶T細胞的能力。此一技術可以大幅提升偽慢病毒感染T細胞的有效病毒效價，降低產業界建立CAR-T細胞的成本支出。

• CAR-T開發工作-CAR-T細胞功能加值

名稱: CAR-T開發工作-CAR-T細胞功能加值

服務代號: 108-8 

用途: CAR-T功能加值

規格: 每案

收費標準: 依委託內容

使用方式:  委託操作

過去的研究發現，剔除T細胞上的免疫檢查哨PD-1蛋白，可以阻斷癌細胞反制T細胞活化的能力，大幅增加T細胞毒殺癌細胞的能力。最近的一篇報導亦指出，剔除CAR-T細胞中TET2基因，可以增加CAR-T細胞增殖的能力，讓CAR-T細胞可以長期穩定存活，在癌症病人體中持續殺癌細胞。本核心設施所構築的CAR表現偽慢病毒載體，可以同時攜帶可抑制PD-1或是TET2基因的RNAi或CRISPR/Cas，藉此增強CAR-T細胞毒殺癌細胞的活性以及CAR-T細胞增殖的能力。結合RNAi或CRISPR/Cas基因調控的CAR表現偽慢病毒載體，可以讓CAR-T細胞的功能升級，增加產業界研發CAR-T細胞的國際競爭力。

本核心設施可以協助國內生醫產業界全基因方位遺傳篩選，或是提供不同基因功能分類的功能型盤式快篩平台，這是其他國內外生技廠商或研發單位，皆無法提供服務平台。我們已經建立根據不同技術平台的特性建立了相關篩選範例，為將來進駐南港國家生技園區提供具體的產學合作開發模式，我們所提供的技術平台可以協助國內生醫產業界進行新藥開發工作。具體執行方法包括：

• 基因遺傳篩選-報導細胞株之建立

名稱: 基因遺傳篩選-報導細胞株之建立

服務代號: 108-9 

用途: 報導細胞株之建立

規格: 每案

收費標準: 依委託內容

使用方式:  委託操作

本核心設施可以根據國內生醫產業界使用者的超高速篩選實驗需求，考量RNAi或CRISPR/Cas遺傳篩選不同的實驗設計，以及全基因方位混合型或是功能型盤式遺傳篩選的型式，我們可以建立專屬的客製化基因篩選細胞模型，並協助使用者規畫適當的遺傳篩選流程。協助利用小規模篩選實驗驗證此細胞模型使用於全基因方位混合型或是功能型盤式遺傳篩選的可行性。

• 基因遺傳篩選-製備篩選用試劑庫

名稱: 基因遺傳篩選-製備篩選用試劑庫

服務代號: 108-10 

用途: 製備篩選用試劑庫

規格: 每案

收費標準: 依委託內容

使用方式:  委託操作

本核心設施已經建立了96或384微孔盤基因操控作業與分析平台。根據不同超高速篩選規格，我們可以重新編寫作業程式，調整細胞數以及偽慢病毒的使用量以配合實驗操作需求；結合核心建置的全基因方位RNAi或CRISPR/Cas試劑資源庫，並使用配置機器手臂的二維條碼DNA管理系統管理，我們可以將使用者需要的試劑資源迅速挑選出來，製備成客製化盤式偽慢病毒資源試劑庫，供全基因盤式RNAi或CRISPR/Cas超高速篩選使用。我們利用冷光報導系統與功能型偽慢病毒資源試劑庫作為範例，建立了超高速篩選的標準化作業流程，藉由此一標準化作業流程的建立，可以因應產業界進行大規模的客製化盤式RNAi或CRISPR/Cas篩選服務的需求。

• 基因遺傳篩選-小規模功能性快速篩選

名稱: 基因遺傳篩選-小規模功能性快速篩選

服務代號: 108-11 

用途: 小規模快速篩選

規格: 每案

收費標準: 依委託內容

使用方式:  委託操作

本核心設施建立了功能型盤式CRISPR/Cas試劑資源，此試劑資源為國內首例自製研發的功能型盤式試劑資源庫，可以標靶細胞表面蛋白以及醣基轉移酶，快速鑑定細胞表面生物分子所扮演的生物功能。此試劑資源為目前全世界唯一以醣基轉移酶作為目標基因的功能型盤式CRISPR/Cas試劑資源庫。此外，我們也購入了八套功能型盤式CRISPR/Cas試劑資源(可標靶細胞激酶相關、磷酸酶相關、癌症疾病相關、細胞膜運輸相關、細胞核激素接受體、離子通道相關、表觀遺傳相關、藥物運輸蛋白相關基因)。我們利用免疫毒素(Immunotoxin)完成了小規模概念驗證(Proof of Concept)實驗，研究顯示此試劑資源可以快速鑑定出正確的目標基因。藉由此功能型盤式CRISPR/Cas篩選範例的建立，我們可以支援超高速藥物篩選平台/噬菌體表達抗體篩選平台，針對未知基因標的之小分子藥物或是抗體藥物，快速篩選出該藥物的目標基因。

• 基因遺傳篩選-全基因方位篩選

 名稱: 基因遺傳篩選-全基因方位篩選

服務代號: 108-12 

用途: 全基因方位篩選

規格: 每案

收費標準: 依委託內容

使用方式:  委託操作

本核心設施已經利用A型流感病毒作為模型，建立了全基因方位RNAi遺傳篩選的標準化流程。為了建立全基因方位CRISPR/Cas遺傳篩選標準作業流程，本核心設施利用免疫毒素(Immunotoxin)作為範例，以全基因方位CRISPR/Cas遺傳篩選技術快速鑑定出綠膿桿菌毒素的致病機轉。這些實務經驗有助於我們協助國內生醫產業，使用全基因混合型RNAi或CRISPR/Cas試劑資源庫，進行全基因方位RNAi或CRISPR/Cas遺傳篩選實驗。全基因方位遺傳篩選技術可以用來鑑定藥物的作用機轉、抗藥性基因、抗病毒或抗癌等基因標的，協助國內生醫產業進行新藥開發工作。

CRISPR/Cas基因編輯技術是目前最具前瞻性的生醫技術。除了傳統的CRISPR/Cas9系統，目前本核心設施已經引進了其他CRISPR相關試劑資源，其中包括了: CRISPRi、CRISPRa、eSpCas9(1.1)、Cas9HF1、SaCas9、AsCpf1、LbCpf1、Cas13a、BE4-Gam、ABE series and xCas9 series。這些新興CRISPR試劑資源分別已經在偽慢病毒載體或腺相關病毒載體中構築完成。上述新興CRISPR相關試劑資源可以在哺乳動物細胞中進行基因編輯，具有不同的基因編輯專一性、脫靶率、可辨識不同PAM序列、以及基因編輯特性。這些CRISPR/Cas相關核心技術的開發，有助於使用者精準調控基因表現或修復致病基因SNP位點，加速將CRISPR/Cas相關技術推向臨床應用(基因治療)的進程。

本核心設施已經建立了基因剔除(Gene Knockout)服務的標準化流程，並開始為國內學、研、醫、產界提供建立客製化基因剔除動物細胞株的服務，其服務內容包含了CRISPR載體設計、sgRNA的設計挑選、sgRNA表現質體的構築、sgRNA效能測試、以及基因剔除細胞株的建立與選殖。未來若核心人力調配許可，將逐步開放建立基因剔入/基因校正細胞株的服務。此一客製化服務除了可以幫助學研界進行基因相關基礎研究，也可以協助醫學中心進行基因治療的臨床研究，或是幫助國內生醫產業界建立高效能的商用細胞株(例如：FUT8基因剔除的抗體生產細胞株)。詳細服務內容如下

• sgRNA客製化服務(CRISPR客製化服務-sgRNA備製)

名稱: sgRNA客製化服務

服務代號: C6-15 

用途: CRISPR客製化服務- sgRNA備製

規格: 每案

收費標準: 依委託內容

使用方式:  委託操作  服務清單   核心服務網站

本核心備有專人提供 CRISPR 相關技術諮詢，並提供 sgRNA 客製化服務。透過
與使用者直接溝通的方式，根據使用者的基因標的(eg., cDNA, miRNA or
lncRNA)、研究需求(eg., gene knock-out, gene knock-down or gene activation)以及
sgRNA 標靶位置(promoter, UTR or CDS)，設計符合其需求的 sgRNA。針對每一個
基因，核心會設計並提供四個不同的 sgRNA 表現質體以及二個 control sgRNA 質
體。所有本核心所提供的 sgRNA 表現質體都會經過 surrogate reporter 實驗驗證,
並提供至少二個 sgRNA 表現質體可以有效產生 indel(analysis by surrogate
reporter)的服務保證。

• 細胞特性確認(CRISPR客製化服務-細胞株鑑定)

名稱: 細胞特性確認

服務代號: C6-17 

用途: CRISPR客製化服務-細胞株鑑定 

規格: 每案

收費標準: 依委託內容

使用方式:  委託操作  服務清單   核心服務網站

• 細胞株篩選(CRISPR客製化服務-基因編輯細胞)

名稱: 細胞株篩選

服務代號: C6-18 

用途: CRISPR客製化服務-基因編輯細胞

規格: 每案

收費標準: 依委託內容

使用方式:  委託操作  服務清單   核心服務網站

• 基因型鑑定(CRISPR客製化服務-基因型鑑定)

名稱: 基因型鑑定

服務代號: C6-19 

用途: CRISPR客製化服務-基因型鑑定 

規格: 每案

收費標準: 依委託內容

使用方式:  委託操作  服務清單   核心服務網站

服務代號: C6-20

用途: 非常規之客製化服務

規格: 每案

收費標準: 依委託內容

使用方式:  委託操作  服務清單   核心服務網站

為因應使用者臨時委託的客製化服務項 目，例如：96 孔盤式 DNA 質體製備、大量 DNA 質體製備、大量 cDNA 表 現質體構築…等非核心常規提供的客製化服務項目。評估當時核心人力情 形是否接受委託，並計算其成本支出決定服務申請單位數量，收費金額待使用者同意之後， 始提供該客製化服務。服務完成後，核心會補送該次委託案之成本分析內 容至科技部備查。

服務代號: C6-21-1

用途: 穩定細胞株

規格: 5凍管/細胞株

收費標準: 依委託內容

使用方式:  委託操作  服務清單   核心服務網站

此穩定細胞株建構服務利用偽慢病毒(VSVG pseudotyped-lentivirus)為載體轉導外源基因(cDNA 或 shRNA)，經由抗生素篩選建立穩定表現目標基因的細胞株。此服務可以協助無法操作偽慢病毒的實驗室，建立 cDNA 或 shRNA 穩定表現細胞株(Stable Cell Pool,非single cell derived clone)，針對特定基因進行生物功能鑑定等相關研究。

服務代號: C6-22

用途: 小量腺相關病毒產量測試/大規模腺相關病毒製備

規格: 單個15 cm-dish所產病毒量/20個15 cm-dishes所產病毒量

收費標準: 依委託內容

使用方式:  委託操作  服務清單   核心服務網站

簡介
    腺相關病毒 (AAV) 是單股DNA病毒，其基因包裝容量約4.7kb；根據下述特點，使得腺相關病毒成為熱門的基因傳遞載體之一:
一、 腺相關病毒無法自行複製，其傳播仰賴其他輔助病毒的存在，因此對人類而言並無明顯致病性。
二、 經由重組過後的腺相關病毒可以在未分裂的細胞中以游離基因型式長期存在，且不損害宿主細胞。
三、 與其他病毒相比，腺相關病毒引起的免疫反應最低。

血清型選擇
    以下是本核心設施目前所提供的腺相關病毒血清型列表：

核心提供的服務有……
1. 我們為您提供客製化腺相關病毒的質體設計與構築服務(請參閱C6-16質體構築服務)
  (1) 針對您實驗需求，提供多種promoter以供挑選
  (2) 針對您實驗目的，提供不同的載體以供挑選 (e.g., for cDNA, shRNA, miRNA or CRISPR/Cas expression)
2. 我們為您提供不同血清型的腺相關病毒製備服務
  (1) C6-22-1小量腺相關病毒產量測試
  (2) C6-22-2大規模腺相關病毒製備
3. 我們為您提供幾種現成的腺相關病毒或其快速製備服務
  (1) 攜帶EGFP或mCherry基因的腺相關病毒
  (2) 攜帶螢火蟲冷光基因的腺相關病毒
  (3) 攜帶Cre重組酶基因的腺相關病毒
  (4) 帶有CRISPR / Cas系統的腺相關病毒（split SpCas9s，ABEmax和BEmax）

全自動液體分注操作工作平台可以有效率的進行耗時長、重複性高的 liquid handling 工作，包含 pipetting, dilution, dispensing 及 integration 等，不僅可以節 省時間和精力，儀器的高精準度更可減少人為操作的誤差。